El torneo Apertura 2009 fue uno de los peores que ha tenido el Club Universidad, obteniendo 5 puntos en los primeros diez encuentros, y terminando en penúltimo lugar con 17 puntos obtenidos en la misma cantidad de juegos. Todo esto a pesar de haber jugado con la misma plantilla que ganó el torneo anterior a excepción del jugador Toledo, que fue comprado por el equipo a los Tigres de la UANL.
